Gérer et formater sa bibliographie

name: inverse
    layout: true
    class: center, middle, inverse
    ---
    # Gérer et formater sa bibliographie

<hr />

Nicolas Casajus, Steve Vissault et Kévin Cazelles

.footnote[En ligne sur [Github](https://github.com/SteveViss/Talk_bib/)]

.footnote[Fait avec sur [Remark](http://remarkjs.com/#1)]

???
    pas de note

---
    name: inverse
    layout: true
    class: center, middle, inverse
    ---

## Introduction

<hr />

### Avant le gros code sale

---
 layout: false

## Une référence bibliographique, c'est quoi?
 <hr />
 
 --

1. Un repère scientifique et chronologique
      > Qui a fait quoi quand?
    --

2. Une source d'information
      > Résultats antérieurs, autres références
    --

3. Un appui à un argument
      > Ça a été montré là
    --

4. Un ensemble de données relatif à cette source d'information (metadonnées)
      > Auteurs, date, journal

???
    mes notes

---

## Qu'en fait-on?
 <hr />
 
 --

1. On les cherche
      > Bibliothèques, archives, Internet
    --

2. On les stocke
      > Endnote, Mendeley, Zotero
    --

3. On les cite
      > Microsoft Word, LibreOffice, LaTeX, Markdown
    --

4. On fait des statistiques dessus (bibliométrie)
      > Research Gate, Google Scholar

???
    les statistiques, c'est aussi par là que passe les impact factor, les H-index...

---

## Qu'en fait-on?
 <hr />

![:scale 80%](./images/nbarticles.jpg)

---

## Chercher des références bibliographiques
 <hr />

- [Google Scolar](https://scholar.google.ca)
      > Alertes
    --

- [Web of Science](https://apps.webofknowledge.com/)
      > La base de donnée d'articles scientifiques
    --

- [Service bibliothèque](http://biblio.uqar.ca)
      > Profitez-en !
    --

- [Les journaux](http://www.nature.com)
      > [Flux RSS](http://www.cnetfrance.fr/produits/l-apres-google-reader-10-alternatives-pour-gerer-ses-flux-rss-39774710.htm)
    --

- [Research Gate](https://www.researchgate.net/home)
      > Suivez les chercheurs de votre discipline
    --

- et bien d'autres moteurs de recherche spécialisés

???
    Les journaux => flux RSS => les auteurs un mail direct

---

## Les données relatives aux références (méta-données)
 <hr />

1. Quoi?
      > Article, livre, chapitre, etc.
    --

2. Qui?
      > Auteurs
    --

3. Quand?
      > Date
    --

4. Où?
      > Journal, éditions, collection, URL, etc.
    --

6. Une identification unique
      > Au-delà du recoupement d'informations

???
    Jusqu'à la personnelle communication
    Croiser tous ces facteurs pour avoir une source unique ou pas

---

## Mécanismes d'identification des ressources
 <hr />

1. **ISSN** (_International Standard Serial Number_)
    2. **ISBN** (_International Standard Book Number_)
    3. **DOI** (_Digital Object Identifier_)
    --

4. **ArXiv ID**
      > Service de prépublication [en ligne](http://arxiv.org/pdf/1511.05154.pdf)
    --

5. **PMID** (_PubMed IDentifier_)
      > Tout ce qui est [biomedical](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)
    --

6. **ORCID** (_Open Researcher and Contributor ID_)
      > [Identifiant unique pour les contributeurs](http://orcid.org/organizations/institutions), nous!

---

## International Standard Serial Number (ISSN)
 <hr />

- Pour les publications en série
      > Journaux, revues, collections, etc.
    --

- Normalisé
        > Norme ISO depuis 1975
    - 2 x 4 chiffres
      > Dernier chiffre = [clé de vérification](https://fr.wikipedia.org/wiki/International_Standard_Serial_Number)
    --

- Exemples :

```
 Science: ISSN 0036-8075 (print), 1095-9203 (online)
 Ecology Letters: ISSN 1461-0248 (online)
 ```

---

## International Standard Book Number (ISBN)
 <hr />

- Normalisé
      > Norme ISO depuis 1972
    - Composé de 13 chiffres (depuis 2007, 10 auparavant)
    --

![:scale 60%](./images/isbnTufte.jpg)

---

## International Standard Book Number (ISBN)
 <hr />

- Écrit avec le code barre
    --

![:scale 65%](./images/isbn.png)

--
 
 - [ISBN Search](http://www.isbnsearch.org)
 > À quel livre correspond **978-0-961-392-10** ?

???
    978-1-234-56789-7
    978-0-961-392-109

---

## Digital Object Identifier (DOI)
 <hr />

- Identifier des resources numériques
      > Articles scientifiques

> Jeux de données ([DataCite](https://www.datacite.org/node))

> Code ([Zenodo](https://zenodo.org/about))

- Normalisé depuis 2012

- Un peu plus sur le sujet :

> [Articles en ligne BBF (1998)](http://bbf.enssib.fr/consulter/bbf-1998-03-0049-007)

> [Articles INIST](http://www.inist.fr/?Attribution-de-DOI)

> [DOI ISBN](https://www.doi.org/factsheets/ISBN-A.html)

---

## Digital Object Identifier (DOI)
 <hr />

- Accès rapide aux metadonnées
    --

- À partir d'un titre

> Will a Large Complex System be Stable?

> [crossref](http://crossref.org)

- À partir d'un DOI

>[doi.org](http://www.doi.org)

> 10.3410/f.718255373.793490237

> 10.1111/j.1461-0248.2004.00608.x

> 10.1111/j.1461-0248.2011.01588.x

- Ne plus saisir les metadonnées à la main
      > Grâce aux outils adéquats

???
    Ca veut dire que si je peux aller chercher DOI en ligne, je peux avoir accès à toutes aux metadonnées
    Kev : todo lire plus sur le pourquoi de l'existence du DOI et qui en est à l'origine

---
    name: inverse
    layout: true
    class: center, middle, inverse
    ---

## Stocker ses références

<hr />

### Quelques outils disponibles

---
    layout: false

## Trois alternatives principales
 <hr />
 
 <table class="table table-striped" style="font-size:15px;">
 <thead>
 <tr>
 <th></th>
 <th><img src="./images/logo_endnote.jpg" style="height:45px;"></img></th>
 <th><img src="./images/logo_mendeley.png" style="height:45px;"></img></th>
 <th><img src="./images/logo_zotero.png" style="height:40px;"></img></th>
 </tr>
 </thead>
 <tbody>
 <tr>
 <th>Création</th>
 <td>2001</td>
 <td>2007</td>
 <td>2005</td>
 </tr>
 <tr>
 <th>Propriétaire</th>
 <td>Thomson Reuters, Payant</td>
 <td>Elsevier, Gratuit</td>
 <td>Libre, OpenSource et Gratuit</td>
 </tr>
 <tr>
 <th>Stockage</th>
 <td>Payant</td>
 <td>Gratuit (2Gb)</td>
 <td>Gratuit (300 Mo)</td>
 </tr>
 <tr>
 <th>Multi-plateforme</th>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <th>Serveur distant</th>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <th>Visualisation et prise de note PDF</th>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <th>Recherche plein texte</th>
 <td></td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <th>Interopérabilité</th>
 <td>
 Microsoft Word 
 Open Office 
 Libre Office
 </td>
 <td>
 Microsoft Word 
 Open Office 
 Libre Office 
 LateX
 </td>
 <td>
 Microsoft Word 
 Open Office 
 Libre Office 
 LateX
 </td>
 </tr>
 </tbody>
 </table>

.footnote[[Pour en savoir davantage](https://github.com/SteveViss/Talk_bib/raw/master/Ressources/Logiciels%20Biblio_Comparatif.pdf)]

---
    name: inverse
    layout: true
    class: center, middle, inverse
    ---

## Stocker ses références

<hr />

### Illustration avec Zotero et Mendeley

???
    1. Mendeley
    - Importer un PDF qui fonctionne avec/sans metadonnées
    - Corriger les métadonnées
    - Créer une librairie de PDF
    - Connexion au cloud
    - Création de groupes de travail
    1. Zotero
    - Importation de fichiers/articles à partir du Web
    - Lier le fichiers PDF aux metadonnées
    - Connexion au cloud

---
    layout: false

## Exemple en live
 <hr />

---
    name: inverse
    layout: true
    class: center, middle, inverse
    ---

## Générer une bibliographie

<hr />

### LibreOffice et le plugin Mendeley

---
    layout: false

## Exemple en live
 <hr />

---
    name: inverse
    layout: true
    class: center, middle, inverse
    ---

## Générer une bibliographie

<hr />

### LaTeX, Markdown et Pandoc

---
    layout: false

## LaTeX, Markdown et Pandoc: quésako?
 <hr />

![:scale 15%](./images/logo_bib.png)
    --

- Format de fichier (et logiciel)
 - Contient la description d'une référence sous forme de mot-clé
 --
 
 ```
 @article{arrow1961,
 author={Arrow, Kenneth J. and Leonid Hurwicz and Hirofumi Uzawa},
 title={Constraint qualifications in maximization problems},
 journal={Naval Research Logistics Quarterly},
 volume={8},
 year=1961,
 pages={175-191}
 }
 ```
 
 --

- Utilisé par LaTeX, Markdown et Pandoc
    - Export automatique depuis Mendeley

---
    layout: false

## LaTeX, Markdown et Pandoc: quésako?
 <hr />

![:scale 15%](./images/logo_latex.png)
    --

- Langage de description de document
 - Appartient à la famille des langages à balises
 
 ```
 \textit{Ce texte sera écrit en italique}
 ```
 
 --

- L'utilisateur ne s'intéresse qu'au contenu du document
    - Le typographe virtuel s'occupe de la mise en page
    - Le document compilé produit un PDF ou un PostScript
    --

- Pour insérer une citation, on écrira :
 
 ```
 \cite{Gravel2014}
 \citep{Gravel2014}
 ```

---
    layout: false

## LaTeX, Markdown et Pandoc: quésako?
 <hr />

![:scale 15%](./images/logo_markdown.png)
    --

- Langage à balises **léger**
 
 ```
 _Ce texte sera écrit en italique_
 ```
 
 --

- Version allégée de LaTeX
    - Le principe est le même que pour LaTeX
    --

- Pour insérer une citation, on écrira :
 
 ```
 @Gravel2014
 [@Gravel2014]
 ```

---
    layout: false

## LaTeX, Markdown et Pandoc: quésako?
 <hr />

### Pandoc
    --

- Convertisseur de formats de documents
    - Plusieurs dizaines de formats pris en compte
    - Markdown, LaTeX, HTML, Word, Writer, ePUB, PDF, JSON, XML, etc.
    --

- Programme en lignes de commande

```
    ### Création d'un PDF à partir d'un fichier LaTeX
    pandoc -o output.pdf  input.tex

### Création d'un PDF à partir d'un fichier Markdown
    pandoc -o output.pdf  input.md

### Création d'un DOCX à partir d'un fichier LaTeX
    pandoc -o output.docx input.tex
    ```

---
    layout: false

## Les fichiers de style bibliographique
 <hr />

### Fichier CSL

- Contient le formatage des différents items d'une référence bibliographique
    - Souvent associé à une revue
    - Informations reconnues par Zotero, Mendeley et Pandoc
    - Plusieurs centaines de style disponible sur [GitHub](https://github.com/citation-style-language/styles)

### Alternatives

- Fichier .ens (EndNote)
    - Fichier .bst (LaTeX)

---
    layout: false

## Exemple en live
 <hr />

---
    name: inverse
    layout: true
    class: center, middle, inverse
    ---

## Extras

<hr />

### Gérer ses références avec R

---
    layout: false

## R et le package rcrossref
 <hr />

![:scale 15%](./images/logo_r.png)
    --

- R sert à faire des statistiques et des graphiques... et bien d'autres choses
    - Connexion à l'API de CrossRef
    - Deux fonctions principales :

```
    ### Recherche d'articles par mot-clé
    > cr_search(query, rows, ...)

### Extraction des citations en BibTeX
    > cr_cn(dois, format = 'bibtex')
    ```

---
    layout: false

## Exemple en live
 <hr />
 
 --

- Lignes de code R :

# Installation du package
            > install.packages('rcrossref')

# Choix du répertoire de travail
            > setwd('~/Desktop/Talk_bib/exemple-r')

# Chargement des fonctions requises
            > source('getCrossRef.R')
            > source('initiales.R')

# Requête sur CrossRef
 > getCrossRef(author = 'Cazelles, Kévin', year = NULL)

---
    layout: false

## Exemple en live
 <hr />

- Création d'un PDF avec les références (sans citation) dans le terminal

$ pandoc -o exemple2.pdf exemple2.tex \
                     --bibliography=ref-cazelles.bib \
                     --csl=nature.csl

$ open exemple2.pdf

---
    name: inverse
    layout: true
    class: center, middle, inverse
    ---

## Fin

<hr />

### Place à la discussion